国内肥料資源利用拡大対策事業のうち国内肥料資源活用総合支援事業(令和7年度補正予算(第1号))の第3次公募について 

基本情報

農林水産省農産局が、国内肥料資源利用拡大対策事業のうち**国内肥料資源活用総合支援事業**（令和7年度補正予算（第1号））について、事業実施主体を公募したものです（公示日: 令和8年4月14日、第3次公募）。肥料は原料の多くを海外に依存しており、国際市況や原料産出国の輸出動向の影響を強く受けざるを得ない状況にあることから、海外からの輸入原料に依存した肥料から、堆肥や下水汚泥資源等の国内資源を活用した肥料（国内資源由来肥料）への転換を進める取組等を支援するものと説明されています。

実施機関	農林水産省
対象エリア	全国
公募期間	参加締切 令和8年5月14日
補助率/補助金額等	−
上限金額	−
対象利用者

詳細・補足説明・備考

事業概要

農林水産省農産局が、国内肥料資源利用拡大対策事業のうち国内肥料資源活用総合支援事業（令和7年度補正予算（第1号））について、事業実施主体を公募したものです（公示日: 令和8年4月14日、第3次公募）。肥料は原料の多くを海外に依存しており、国際市況や原料産出国の輸出動向の影響を強く受けざるを得ない状況にあることから、海外からの輸入原料に依存した肥料から、堆肥や下水汚泥資源等の国内資源を活用した肥料（国内資源由来肥料）への転換を進める取組等を支援するものと説明されています。

公募対象は次の2つの支援です。

• 国内肥料資源活用施設総合整備支援 — 国内資源由来肥料への転換を進めるため、国内資源を活用する際に必要となる施設等の整備
• 国内肥料資源活用総合推進支援 — 国内資源由来肥料やその原料の供給または利用を拡大する取組

応募できる者

この第3次公募の対象は、取組の範囲が都道府県域を超えるものに限られます。 具体的には、次のいずれかに該当する事業実施主体が対象です。

• 実施要領別表1の区分1に該当し、補助事業の実施場所が都道府県域を超える事業実施計画書を提出する事業実施主体
• 実施要領別紙1の別表1の区分2から4までのいずれかに該当し、肥料原料供給者、肥料製造業者及び肥料利用者の連携を位置付けた計画に位置付けられた取組範囲が都道府県域を超える事業実施計画書を提出する事業実施主体

これに該当しない事業実施主体については、都道府県協議会に対して事業実施計画書の取りまとめが依頼されており、提出を希望する場合は都道府県協議会に問い合わせることとされています。

事業実施主体の区分と要件

補助率・上限額

補助金額は、予算及び補助対象経費等の精査により減額することがあるほか、本事業で収益を得る場合には当該収益分に相当する金額の返還が必要となる場合があると明記されています。

補助対象となる取組

国内肥料資源活用施設総合整備支援

• 国内資源由来肥料の製造のための国内資源供給施設等の整備
• 国内資源由来肥料の製造施設等の整備
• 国内資源由来肥料の流通保管施設等の整備

国内肥料資源活用総合推進支援

• 国内資源由来肥料もしくはその原料の成分分析、原料の収集、または国内資源由来肥料の運搬等の実証
• 国内資源由来肥料の試作
• 国内資源由来肥料の肥培効果もしくは散布効率に関する栽培実証、または土壌・水質・作物体に関する分析
• 国内資源由来肥料もしくはその原料の収集・運搬・加工（焼却を含む）・散布等に必要な機械、または原料もしくは土壌等の分析に必要な分析機器等の導入
• 上記に附帯する事業の効率的な取組に必要な調査、取組拡大のための情報発信

補助対象としない経費

• 事業実施主体の運営に係る経費
• パソコン、デジタルカメラ等の汎用性のある備品の購入費
• 本事業により農産物の収量及び品質が低下した場合の補てんに要する経費
• 雇用した者に対して支払う経費のうち、実働に応じた対価として支払う賃金以外の経費
• 事業実施期間中に発生した事故または災害の処理のための経費
• 補助対象経費に係る消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額
• 飲食費
• 既存の施設、機械の代替として同種・同能力のものを再整備する取組に要する経費（実施要領別紙1の別表2において補助対象としているものを除く）
• 施設等の整備に伴う用地の買収または造成に要する経費、貸借に要する経費または補償に要する経費
• 事業実施主体が、自己資金または助成により事業を現に実施し、または既に終了している取組に要する経費（複数年度にわたる事業実施計画書に基づく取組を除く）
• 補助金の交付決定前に支出される経費（交付決定前着手届を提出している場合等を除く）
• 本事業以外の事業に要する経費と区分できない経費
• 国が補助する他の事業と重複する経費
• その他本事業を実施する上で必要とは認められない経費、および実施に要したものとして証明できない経費

事業の実施期間

• 交付決定日から令和9年3月31日までとされています。

審査

• 地方農政局長等が申請書類の内容を確認し、審査基準に基づいて評価・ポイント付けを行い、農産局長がポイントの合計値が高い順から採択優先順位を決め、予算の範囲内で補助金交付候補者を選定します。
• 審査に当たり、地方農政局長等は必要に応じて、事業実施計画書に位置付けられた取組範囲に関係する都道府県協議会の意見を聴くことができるとされています。
• 申請内容についてヒアリングや関連資料の追加提出を求める場合があります。
• 審査内容は非公開で、補助金交付候補者の決定に係る審査の経過や審査結果についての問合せには答えられないとされています。

注意事項

• 申請書類に虚偽の記載、不備等がある場合は審査対象外となる場合があります。
• 提出後の申請書類については、原則として資料の差し替えは不可で、採択・不採択にかかわらず返却されません。
• 事業実施主体は本事業についての帳簿を備え、他の経理と区分して収入及び支出を記載し、証拠書類または証拠物とともに、補助金の交付を受けた日の属する年度の翌年度から起算して5年間保管する必要があります。
• 取得財産等を処分することにより収入があり、またはあると見込まれるときは、その収入の全部または一部を国に納付することがあります。
• 配合飼料を購入している畜産業を営む者が事業実施主体になる場合は、配合飼料価格安定基金の業務方法書に基づく価格差補てんに関する基本契約及び毎年度の数量契約の締結を継続することとされています（事業実施年度の前年度にこれらの契約を締結していない者、および自給飼料への転換等の合理的な理由がある者を除く）。

募集期間・申請方法

• 公募期間: 令和8年4月14日（火曜日）～令和8年5月14日（木曜日）午後5時（必着）
• 提出書類: 応募申請書（別記様式第4号）、事業実施計画書（別記様式第5-1号）及び添付資料一式、肥料原料供給者・肥料製造事業者・肥料利用者の連携を位置付けた計画（別記様式第13号）
• 提出先: 補助事業の主たる実施場所を管轄する地方農政局長等（北海道は北海道農政事務所長、沖縄県は内閣府沖縄総合事務局長）
• 提出方法: 原則として郵送、宅配便（バイク便を含む）または電子メール。やむを得ない場合は持参も可能ですが、ファクシミリによる提出は受け付けられません。郵送の場合は封筒の表に「国内肥料資源利用拡大対策事業の申請書類在中」と朱書きし、簡易書留、特定記録等、配達されたことが証明できる方法によります。
• この第3次公募は令和8年5月14日で終了しています。

お問い合わせ

• 農林水産省 農産局農産政策部技術普及課（03-6744-2107）／農業環境対策課（03-3593-6495）
• メール: kokunaihiryou_sien＠maff.go.jp
• 各地方農政局等（北海道農政事務所生産支援課 011-330-8807、東北農政局環境・技術課 022-263-1111（内線4574,4541）、関東農政局環境・技術課 048-740-0450、北陸農政局環境・技術課 076-232-4893、東海農政局環境・技術課 052-746-1313、近畿農政局環境・技術課 075-414-9722、中国四国農政局環境・技術課 086-224-4511（内線2448,2773）、九州農政局環境・技術課 096-300-6269、内閣府沖縄総合事務局生産振興課 098-866-1653）
• 問合せの受付時間は午前10時から午後5時まで（土・日・祝祭日及び正午から午後1時までを除く）

農家web編集部からのコメント

この第3次公募は、取組の範囲が都道府県域を超えるものに絞られています。 公示では、補助事業の実施場所が都道府県域を超える事業実施計画書を提出する主体、または肥料原料供給者・肥料製造業者・肥料利用者の連携を位置付けた計画の取組範囲が都道府県域を超える主体が対象と明記されています。都道府県内で完結する取組は、この公募ではなく都道府県協議会が取りまとめる形になっているため、まずどちらのルートに当たるかを確認する必要があります。応募できるのは農業者の組織する団体等、肥料製造事業者、肥料原料供給事業者、そしてこれらを含むコンソーシアムで、個人の農業者が単独で申請するものではありません。

農業者の組織する団体等が応募する場合は、効果検証に参加する農業従事者の人数が要件になります。 定款や経理規程等の組織運営に関する規程が定められていることに加え、国内資源由来肥料の効果の検証に取り組む農業従事者（原則年間150日以上の常時従事者）が5人以上参加することが求められます。堆肥の生産を行う畜産経営や、食品残渣等を供給する事業者は肥料原料供給事業者として応募でき、肥料製造事業者は肥料の品質の確保等に関する法律に基づく登録または届出が前提です。また、配合飼料を購入している畜産業を営む者が事業実施主体になる場合には、配合飼料価格安定基金の価格差補てんに関する基本契約及び毎年度の数量契約の締結を継続することとされています。

経費の除外規定が広く、着手のタイミングにも制約があります。 補助対象外として、既存の施設・機械の代替として同種・同能力のものを再整備する更新、用地の買収・造成・貸借・補償に要する経費、パソコンやデジタルカメラ等の汎用備品、飲食費、国が補助する他の事業と重複する経費が挙げられています。さらに、自己資金または助成により事業を現に実施している、もしくは既に終了している取組の経費、そして補助金の交付決定前に支出される経費も対象外です（交付決定前着手届を提出している場合等を除く）。補助率は施設整備が2分の1以内で1事業実施計画書当たり単年度20億円が上限、推進支援は機械・分析機器の導入が2分の1以内、それ以外は定額で上限3千万円（試作は機械の借上費を除き2百万円）と定められています。審査はポイントの高い順に予算の範囲内で採択されます。公募期間は令和8年4月14日から5月14日午後5時（必着）までで、この第3次公募は令和8年5月14日で終了しています。

補助率や上限額、事業実施主体の要件は年度や公募回によって変わることがあります。次回以降の公募を検討される際は、必ず農林水産省の公式ページと公募要領・国内肥料資源利用拡大対策事業費補助金交付等要綱・実施要領でご確認いただき、あわせて農産局農産政策部技術普及課（03-6744-2107）または農業環境対策課（03-3593-6495）、お住まいの地域を管轄する地方農政局へお問い合わせください。