令和8年度強い農業づくり総合支援交付金（食料システム構築支援タイプ（全国の取組））の2回目公募について 

基本情報

農林水産省農産局が、令和8年度強い農業づくり総合支援交付金（**食料システム構築支援タイプ（全国の取組）**）について、事業実施主体を公募したものです（公示日: 令和8年4月14日、2回目公募）。農業者の減少や農産物等の輸送能力不足、食料安全保障上のリスクの高まり等への対応が急務であり、需要に応じた生産から流通までの垂直的かつ持続可能な取組が不可欠であること、食料・農業・農村基本法の見直しを踏まえた新しい農業のモデルとなる取組の推進が必要であることを背景に、実需とのつながりの核となる者と農業者・産地等が連携し、生産から流通に至るまでの課題解決に必要な取組を支援するものと説明されています。

詳細・補足説明・備考

事業概要

農林水産省農産局が、令和8年度強い農業づくり総合支援交付金（食料システム構築支援タイプ（全国の取組））について、事業実施主体を公募したものです（公示日: 令和8年4月14日、2回目公募）。農業者の減少や農産物等の輸送能力不足、食料安全保障上のリスクの高まり等への対応が急務であり、需要に応じた生産から流通までの垂直的かつ持続可能な取組が不可欠であること、食料・農業・農村基本法の見直しを踏まえた新しい農業のモデルとなる取組の推進が必要であることを背景に、実需とのつながりの核となる者と農業者・産地等が連携し、生産から流通に至るまでの課題解決に必要な取組を支援するものと説明されています。

支援対象は「食料システム構築計画に係る承認規程」に基づき承認された食料システム構築計画（協働事業計画に係る承認規程に基づき承認された計画を含む）に定める取組です。次の計画のうち本事業目的に沿った内容が記載されているものは、食料システム構築計画とみなすことができます。

• スマート農業技術活用促進法第7条第1項に規定する「生産方式革新実施計画」
• 輸出促進法第37条第1項に規定する「輸出事業計画」（フラッグシップ輸出産地に認定された産地が策定するものに限る）
• 食品等取引適正化法第6条に規定する「安定取引関係確立事業活動計画」

この公募は「全国の取組」（原則、供給調整機能を有する施設、補助事業で整備する施設及び受益する生産者が都道府県をまたぐ取組）を対象とします。都道府県をまたがらない「都道府県の取組」は、別途実施する要望調査から報告することとされています。

応募できる者

応募資格は、承認された（審査中も含む）食料システム構築計画等に位置付けられた拠点事業者及び連携者です。公募要領では、次の3つの機能を具備・強化する取組を行う者であって、下記の類型に該当するものとされています。

• 都道府県、市町村、公社（地方公共団体が出資している法人）、農業者、農業者の組織する団体（農業協同組合、農業協同組合連合会、農事組合法人、農事組合法人以外の農地所有適格法人、特定農業団体等）、民間事業者

具備・強化すべき3つの機能

1. 生産安定・効率化機能 — 安定的な取扱量を確保するための生産拠点地域・面積の拡大、農業用機械・施設の合理的配置・利用、分業・受託体制の構築、生産安定化・単収向上等のための技術の導入・定着、労働力の融通・省力化、農業生産を支援するサービスの活用等により、連携者の生産を安定化・効率化する機能
2. 供給調整機能 — 加工・貯蔵施設や生産量を予測・調整するためのシステムの運営等により、生産量や出荷時期の変動を吸収し、実需者への供給を調整する機能
3. 実需者ニーズ対応機能 — 実需者が求める農産物の安全・衛生、環境配慮、扱いやすい荷姿・配送頻度等のニーズを把握し、生産工程管理の実践の促進、加工適性、農産物の規格・容器・輸送システムの統一・簡素化等により、実需者のニーズに的確に対応する機能

事業実施主体計画の申請に当たってはコンソーシアムで申請することも可能です。その場合、意思決定の方法、事務処理及び会計処理の方法とその責任者、財産管理の方法、公印の管理及び使用の方法とその責任者、内部監査の方法等を明確にした規約が定められている必要があります。

成果目標

推進事業 — 次のいずれかの成果目標を1つ設定します。

• 販売額または所得額の10%以上の増加
• 契約栽培の割合を10%以上増加させ、かつ契約栽培の割合全体を50%以上とすること
• 需要減が見込まれる品目・品種から需要が見込まれる品目・品種への転換率を80%以上とすること
• 労働生産性の10%以上の向上
• 生産から流通・消費段階に至るまでの廃棄ロス率の5%以上の削減

整備事業 — 強い農業づくり総合支援交付金のうち産地基幹施設等支援タイプの配分基準に定める成果目標基準を満たすことが見込まれる類別を2つまで選択します。成果目標基準の設定に当たっては次のメニューが対象です。

• 土地利用型作物／畑作物・地域特産物／果樹／野菜／花き／国産原材料サプライチェーン構築／農畜産物輸出に向けた体制整備／みどりの食料システム戦略の推進／産地における戦略的な人材育成の推進／有機農業の取組

実施期間・目標年度

• 実施期間は3年以内とされています。公示では「事業は年度内に終了するものとします」とされています。
• 目標年度は食料システム構築計画の終了年度の翌々年度です。生産方式革新実施計画、輸出事業計画及び安定取引関係確立事業活動計画については終了年度とし、ただし5年以内とされています。

審査

• 事業実施期間が複数年の事業の2年度目以降の事業実施計画から優先的に選定されます。
• 一次審査 — 農産局及び地方農政局等の事業担当部署が、申請書類が要件を満たしているかを確認するとともに採点を行います。次の場合は不採択とされます。
  • 過去3か年に補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第17条第1項または第2項に基づく交付決定取消のある応募団体（共同機関を含む）
  • 審査基準のうち有効性、効率性及び実現性に掲げる内容について、1つでも0点となった場合
• 二次審査 — 選定審査委員会の外部委員が、一次審査を通過した取組について審査・採点します。応募者自らが説明したい意向がある場合は事業担当部署に代わり説明できますが、その場合の旅費等の支給は行われません。
• 審査の観点は、(1) 計画の内容が生産事業体としての特徴を明確に有し、新しい農業の姿として波及性・再現性が期待される構成となっているか、(2) 拠点事業者が3つの機能を強化するためにハード・ソフト両面の取組を総合的・効果的に実施するものであるか、(3) 対象品目が国産品への需要に対してより一層安定的な供給が求められている品目であるか、(4) 事業実施計画が有効性、効率性、実現性を有しているか、とされています。
• 選定審査委員会の議事及び審査内容は非公開で、候補の選定に関する審査の経過、選定結果等に関する一切の質問を受け付けないとされています。

注意事項

• 提出された資料については、原則として差し替えは認められません。提出書類は返却されません。
• 必要に応じて追加資料の提出依頼や、選定審査委員会に向けたヒアリングを行うことがあります。ヒアリング等に係る旅費等は事業実施主体の負担です。
• 申請に当たり、申請書内に記載されている添付書類（費用対効果分析、環境負荷低減のクロスコンプライアンスチェックシート実施者リスト等）も提出が必要です。
• 公募要領には、この公募が令和8年度政府予算原案に基づくものであるため、成立後の予算の内容により事業内容、予算額等に変更があり得る旨があらかじめ記載されています。

募集期間・申請方法

• 公募期間: 令和8年4月14日（火曜日）から令和8年4月28日（火曜日）午後5時まで（必着）
• 提出方法: 電子メール（件名を「強い農業づくり総合支援交付金（直採事業）の申請書類（応募者名）」とし、本文に連絡先と担当者名を記載。添付ファイルは圧縮せず1メール7MB以下。送付後に問合せ先へ連絡）、または郵送（2部を1つの封筒に入れ「強い農業づくり総合支援交付金（直採事業）」と表に朱書き）
• この2回目公募は令和8年4月28日で終了しています。

お問い合わせ

• 問合せ先は公募要領別掲1に記載されています（地方農政局等）。担当は農林水産省農産局です。
• 問合せの受付は、月曜日から金曜日まで（祝日を除く）の午前10時から午後5時（正午から午後1時までを除く）とされています。

農家web編集部からのコメント

この交付金に応募できるのは、食料システム構築計画等に位置付けられた拠点事業者と連携者です。 まず「食料システム構築計画に係る承認規程」に基づく計画が承認されている（審査中も含む）ことが前提で、その計画に位置付けられた都道府県、市町村、公社、農業者、農業者の組織する団体、民間事業者が申請できます。生産方式革新実施計画、フラッグシップ輸出産地が策定した輸出事業計画、安定取引関係確立事業活動計画も、事業目的に沿った内容が書かれていれば食料システム構築計画とみなすことができるとされています。計画がないところから単発で申請する制度ではありません。

この公募は「全国の取組」に限定されている点に注意が必要です。 原則として、供給調整機能を有する施設、補助事業で整備する施設、受益する生産者が都道府県をまたぐ取組が対象で、都道府県をまたがらない「都道府県の取組」は、この公募ではなく別途実施される要望調査から報告することとされています。取組の広がりによって申請ルートが分かれるため、どちらに当たるかの見極めが最初の作業になります。あわせて、選定は事業実施期間が複数年の事業の2年度目以降の事業実施計画から優先的に行われるとされており、新規の申請は既存の継続案件の後に置かれる構造です。

審査には不採択が確定する条件が明示されています。 一次審査では、過去3か年に補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第17条に基づく交付決定取消のある応募団体（共同機関を含む）は不採択とされ、審査基準のうち有効性・効率性・実現性に掲げる内容について1つでも0点となった場合も不採択です。推進事業の成果目標は、販売額または所得額の10%以上増加、契約栽培の割合を10%以上増やしたうえで全体の50%以上とすること、労働生産性の10%以上向上、廃棄ロス率の5%以上削減など5つから1つを選択し、整備事業は配分基準の類別を2つまで選ぶ形です。実施期間は3年以内、目標年度は食料システム構築計画の終了年度の翌々年度とされています。公募期間は令和8年4月14日から4月28日午後5時（必着）までで、この2回目公募は令和8年4月28日で終了しています。

成果目標の水準や整備事業の配分基準、対象となるメニューは年度によって変わることがあります。次回以降の公募を検討される際は、必ず農林水産省の公式ページと公募要領・強い農業づくり総合支援交付金の交付等要綱でご確認いただき、あわせて農産局および公募要領別掲1に示された地方農政局等の問合せ先（受付は月曜～金曜の10時から17時、正午から13時を除く）へお問い合わせください。

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