令和8年度新基本計画実装・農業構造転換支援事業（令和7年度補正予算）のうち麦・大豆ストックセンターの再編集約・合理化の第3次公募について 

基本情報

本件は農林水産省が補助事業者（取組主体）を公募するもので、個人の農業者が窓口に申請する補助金ではありません。公募要領では、取組主体は次に掲げる者とされています。

実施機関	農林水産省
対象エリア	全国
公募期間	参加締切 令和8年6月19日
補助率/補助金額等	−
上限金額	−
対象利用者

詳細・補足説明・備考

応募できるのは団体・法人等です

本件は農林水産省が補助事業者（取組主体）を公募するもので、個人の農業者が窓口に申請する補助金ではありません。公募要領では、取組主体は次に掲げる者とされています。

• 都道府県、市町村
• 農業者の組織する団体（代表者の定めがあり、かつ組織及び運営についての規約の定めがある団体等で、農業協同組合、農業協同組合連合会、農事組合法人、農事組合法人以外の農地所有適格法人、特定農業団体、その他農業者の組織する団体。事業実施及び会計手続を適正に行いうる体制を有していること）
• 公社（地方公共団体が出資している法人）、土地改良区
• 事業協同組合連合会及び事業協同組合
• 食品事業者（国産麦類・豆類を安定的に供給できる体制の構築を目的とする事業者が集出荷貯蔵施設を整備する場合に限る）
• 中間事業者（国産原材料サプライチェーンの取組を行う場合に限る）
• 流通業者（集出荷貯蔵施設に限る）
• 特認団体、コンソーシアム

中間事業者は、事業対象品目の農産物を加工・業務用原材料として生産者から購入すること、食品製造事業者等の需要に合わせた数量・品質・形態等での供給を行うこと、加工・業務用需要対応のための産地の指導及び育成の取組を行うこと、複数の生産者との間で事業実施から3年以上の期間を契約期間とする基本契約を締結し、当該生産者の出荷量等が導入した施設の全利用量に対し過半を占めることなどが要件です。流通業者（運輸業者又は卸売業者）にも同様に3年以上の基本契約と過半の利用量の要件が課されます。

コンソーシアムは、都道府県、市町村、農業関係機関（農業協同組合、農業共済組合、土地改良区、農業委員会等）、研究機関、生産者、実需者、専門家等により構成され、農業関係機関及び実需者が必須の構成員とされています。施設の整備を行う者は構成員のうち法人格を有する者であること、施設の利用料金を設定する場合は原則として管理運営に必要な経費の範囲内で設定することなども要件です。

事業概要

令和8年度新基本計画実装・農業構造転換支援事業（令和7年度補正予算）のうち麦・大豆ストックセンターの再編集約・合理化の第3次公募です。国産麦類（小麦、大麦及びはだか麦）・大豆について、豊凶変動に対応し凶作時であっても安定して供給できる体制作りに向け、国産麦類・大豆を新たに一定数量保管し需要に応じて供給することにより安定供給体制の強化に取り組む者に対して、必要なストックセンター及びストックセンターの整備と一体的に整備される処理加工施設の再編集約・合理化の促進を図る取組を支援するものです。

対象施設は穀類乾燥調製貯蔵施設及び集出荷貯蔵施設で、取組は次の2つです。

• 再編集約に係る取組：複数の既存施設について機能を新たに編成し直し、又は集める等により整理して管理・運営・利用等を効率化するための施設の新設、既存施設の移設・増築・改修及びこれらに伴う廃棄等。再編集約の前後で施設数が減少すること又は同数であることが条件です
• 合理化に係る取組：一つの既存施設についてその機能を向上させて管理・運営・利用等を効率化するための施設の新設、既存施設の改修等及びこれらに伴う廃棄等。既存施設の代替として同種・同能力のものを再度整備すること（更新）は対象外で、合理化の前後の施設数は同数であることが条件です

いずれも再編集約・合理化計画と修繕・更新に係る積立計画の策定が必要です。取組実施期間は3年以内、成果目標の目標年度は事業実施年度（複数年度にわたる事業は事業完了年度）の翌々年度とされています。

補助率・上限額

• 補助率は事業費の2分の1以内です。
• 取組実施計画の上限要望額は、受益が1経営体（法人）に限定される場合は1年度当たり5億円、それ以外の場合は1年度当たり20億円とされています。ただし、ストックセンターと一体的に処理加工施設を整備する場合は、主たる施設をストックセンターとし、国費の過半以上をストックセンターに係る費用が占めることとされています。
• 施設別の上限事業費として、穀類乾燥調製貯蔵施設は麦類にあっては計画処理量1トンにつき610千円と定められています。中山間地域等の取組であって地域別農業振興計画に基づき行われる取組の上限事業費はこの1.3倍、労働生産性の大幅な向上等に資する革新的技術を用いる取組であり、かつ都道府県内の整備施設と比較して平均より2倍以上の処理能力を有する施設の整備を行う場合は1.5倍とされています（施設本体の建設・設置に必要な経費が対象で、消費税、代行施行管理料、製造請負管理料及び実施設計費は上限事業費の算定対象外）。

採択要件

• 受益農業従事者（農業（販売・加工等を含む）の常時従事者（原則年間150日以上））が5名以上であること
• 定められた成果目標の基準を満たしていること
• 定められた面積要件等を満たしていること
• 修繕・更新に係る積立計画を策定していること
• 原則として、総事業費が5千万円以上であること

ストックセンター等の主たる受益地は、原則として農業振興地域の農用地区域及び生産緑地地区とされています。また、施設については共済制度（国の共済制度に加入できない場合は民間の建物共済や損害補償保険等（天災等に対する補償を必須とする））に確実に加入し、処分制限期間において加入を継続することとされています。

面積要件

作付（栽培）面積はおおむね次の規模以上とされています。

原則として受益地区の水田面積の2分の1以上においておおむね10アール以上の区画整理が行われていること、又は本対策の実施時において水田のほ場整備事業について実施年次等が具体的に定められた計画が樹立されていることが留意事項とされています。あわせて、受益地区内に水田がある場合は、事業対象作物の作付面積の3分の2以上が1ヘクタール以上に団地化されることが確実であること、又は2以上の主要作業を3ヘクタール以上実施している担い手が存在し地区内のおおむね5割以上の主要作業が集積されることが確実であることのいずれかを満たす必要があります。

なお、稲から高収益作物等へ転換を図る場合は高収益作物等の面積要件を上記規模の2分の1とすることができ、複合品目に係る取組の場合は全品目を合計した面積が最も大きな品目の要件を満たせば取り組むことができるとされています。

審査

各取組実施計画について配分基準によりポイントを算定し、合計ポイントが16ポイント以上の取組実施計画を選定するとされています。地方農政局長等との妥当性協議を終えた複数年計画の取組実施計画については、継続事業の実施に要する国費相当分を優先的に割り当てるものとされています。適格性、事業の効果等の観点から審査を行い、採択基準に基づくポイントの高い順に採択優先順位を定めて補助事業者となり得る候補者を選定します。審査の過程において資料の追加等を求める場合があります。

募集期間

令和8年5月20日（水曜日）から令和8年6月19日（金曜日）午後5時（必着）。この第3次公募は令和8年6月19日で終了しています。応募書類は電子メールで応募先に送付することとされています。

お問い合わせ

応募・問い合わせ先は管轄する都道府県ごとに定められています。

• 北海道農政事務所生産支援課（北海道）011-350-7658
• 東北農政局生産振興課（青森県、岩手県、宮城県、秋田県、山形県、福島県）022-221-6169
• 関東農政局生産振興課（茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、山梨県、長野県、静岡県、福島県）048-740-0117
• 北陸農政局生産振興課（新潟県、富山県、石川県、福井県）076-232-4302
• 東海農政局生産振興課（岐阜県、愛知県、三重県）052-223-4622
• 近畿農政局生産振興課（滋賀県、京都府、大阪府、兵庫県、奈良県、和歌山県）075-414-9020
• 中国四国農政局生産振興課（鳥取県、島根県、岡山県、広島県、山口県、徳島県、香川県、愛媛県、高知県）086-224-9411
• 九州農政局生産振興課（福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県、大分県、宮崎県、鹿児島県）096-300-6222
• 内閣府沖縄総合事務局生産振興課（沖縄県）098-866-1653
• 農林水産省農産局穀物課（問い合わせのみ対応可）03-6744-2108

問い合わせの受付時間は月曜日から金曜日まで（祝祭日を除く）の午前10時〜午後5時（正午〜午後1時を除く）とされています。

農家web編集部からのコメント

応募できるのは団体・法人等で、農協や農地所有適格法人のほか、食品事業者や中間事業者、流通業者、コンソーシアムも取組主体になれます。 ただし対象は取組ごとに絞られており、食品事業者は集出荷貯蔵施設の整備を行う場合、流通業者は集出荷貯蔵施設に限る、中間事業者は国産原材料サプライチェーンの取組を行う場合に限るとされています。個人の農業者は、これらの団体の構成員や受益者として関わる形になります。

中間事業者・流通業者には、生産者との長期契約と利用量の要件が課されています。 複数の生産者との間で事業実施から3年以上の期間を契約期間とする基本契約を締結し、当該生産者の出荷量等が事業で導入した施設の全利用量に対し過半を占めることが求められます。コンソーシアムの場合は、農業関係機関と実需者が必須の構成員とされています。

施設数と規模の両面で条件が置かれています。 再編集約では前後で施設数が減少すること又は同数であること、合理化では前後の施設数が同数であることが条件で、既存施設の代替として同種・同能力のものを再整備するいわゆる更新は対象外です。採択要件としては、受益農業従事者（原則年間150日以上の常時従事者）が5名以上、原則として総事業費が5千万円以上であること、修繕・更新に係る積立計画を策定していることが挙げられ、面積要件も麦類で北海道60ヘクタール・都府県30ヘクタール（中山間地域等は10ヘクタール）などと定められています。補助率は事業費の2分の1以内で、受益が1経営体（法人）に限定される場合の上限要望額は1年度当たり5億円、それ以外は20億円です。

この第3次公募は令和8年6月19日午後5時で終了しています。 補助率や上限事業費の単価、面積要件は年度や公募回次によって変わることがあります。今後の公募を検討される際は、必ず農林水産省の公式ページと公募要領でご確認いただき、あわせて管轄する地方農政局等の生産振興課、又は農林水産省農産局穀物課（03-6744-2108）へお問い合わせください。